医院系统的洁净室用于手术室，也就是我们现在所说的医疗净化工程。开始它只是在矫形手术中获得广泛应用,因为矫形手术时间较长,易于引起感染。控制水平较理想的是使用手术台附近的空气洁净度达到100级。一般建议使用顶部高效空气过滤系统,它能覆盖至少3m×3m的面积,从而将手术台和人包括在内。

    医院洁净室包括手术室、产科、婴幼儿病房(NICU)、ICU(重症监护室)、烧伤病房及解剖室、净化实验室、人工透析室、标本室等，其工程质量与医疗质量有着直接而重要的关系。

    医疗净化工程的材料设备主要有各类装饰材料和空调设备材料。对装饰材料应严格按国家有关工程技术标准、施工质量验收规范和设计文件的要求进行检验和验证。洁净室应使用不产尘、不积尘、耐腐蚀、防潮防霉和容易清洁并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面装饰材料。

    空调保温材料也必须符合国家有关规定达到耐腐蚀、不产尘、不附着灰尘和防火等要求。

    在保证医院手术室净化工程质量的过程中同样有着举足轻重的作用。有资料显示，某医院洁净室内工作人员突然晕倒，经查一方面是新风加热器前没有有效地过滤，该管路上有关部件已严重堵塞，由于没有维护，以致没有新风吸入，加上空调箱内一部分风机掉带，总风量又小，导致洁净室相对密闭，体质较弱的人处在长期缺氧的室内就会出现晕倒状况。